私たちは合わないのかもしれませんって英語でなんて言うの？

この場合の「合わない」は get along で表現できます。

この文が否定ですから、don't も使います。

私たち　we
かもしれません　don't think that~

参考になれば幸いです。

chemistryは学校ではおそらく「化学」と習ったと思いますが、
この場合は「相性」という意味です。

We have bad chemistry.
私たちは相性が良くない。
イメージ的には「良い化学反応が起きない」という感じでしょうか。

相性が良い場合は We have great chemistry!と言います。

We don't have much in common.
「私たちに共通点はあまりないね。」
これをパートナーに言われたらショックですね・・・。

反対に、共通点がいっぱいある場合は
We have so many things in common! と言います。

２つ回答を作ってみました。
We're not good for each other.
「直訳：　私たちはお互いにとって良くない」
We're not compatible with each other.
「私たちはお互いに相性が良くない」

どちらも「相性が悪い」ということを表す時によく使われる表現です。

以上です。
少しでも参考になれば幸いです(^_^)

★★大阪カフェレッスン英会話講師　KOGACHI