何がお口にあいませんでしたか　って英語でなんて言うの？

上記の表現を言う前に「I'm sorry」と言いましょう。 でも、何が問題だったかは関係ないかもしれません。お客さんの口に合わな方たので、レストランのスタッフはどうするかを言うのは一番大切でしょう。例えば：「I'm sorry to hear that. We'd be happy to refund your money」（申し訳ございません。返金さしあげましょうか？）

質問者さんの聞き方も悪くないですが、おっしゃるとおり直接的な表現です。もう少し柔らかくしたいなら、上記がおすすめ。また、こちらから食事の感想を求める際は”How's your food?”や”Did you enjoy the meal?”がシンプルで一般的な表現です。