"change from A to B"で「AからBに変える」という意味です。
"Could you~"で「〜してくれませんか?」という言い方なので、
"Could you change the destination from A to B?"
「AではなくBに変更してください」
と言う意味になります。
こんにちは。
様々な言い方ができると思いますが、例えば以下のような英語表現はいかがでしょうか:
I want to change the destination.
目的地を変更したいです。
Can you go to ... instead?
(最初の目的地ではなく)〜に行ってくれませんか?
instead は「代わりに」という意味の英語表現です。
ぜひ参考にしてください。