We'll make shipments of whatever becomes available.
「発送する・出荷する」は make shipment が使えます。
「順次」は in series、in sequence のような表現を使うよりも、「出荷可能分から」つまり手に入ったものはあるだけ送る、という部分を
whatever becomes available
で表せば、注文の総量を送るまでには何度か要するということがすっきり表せます。
その意味で、shipments と複数にしています。