I wish I could give it to you in person =本当は会って渡したかったんだけど
完璧過ぎて直すところがないです！
似たようなフレーズを幾つか挙げます:
I feel bad that I had to mail it to you =郵送しなくちゃいけなくて申し訳ない気分だよ
I wish I could see your reaction to my present =君のプレゼントへのリアクションを見たかったよ
Good luck!
I wish I could give it to you in person は全然変ではないですよ！
実はネイティブの言う通りです。
ただ「直接渡せればよかった」は過去形ですから I wish I could have given it to you in person のほうが、文法的に正解になります。
でも、未来の事でしたら I wish I could give it to you in person でいいです。
Nice work!
もう答えは出ていますが、補足です。
in person と似たような表現で face to face があります。こちらも顔を突き合わせることなので、一見同じようなのですが、例えば
Let's set up a face-to-face meeting.
直接会って話し合う機会をもちましょう。
This is my first time meeting him face to face.
彼と直接顔を合わせるのはこれが初めてです。
I didn't tell you on the phone because I wanted to explain it face to face.
それについては直接会って説明したかったから電話では君に言わなかったんだ。
というように、少し深刻な、きちんと目を見て相手と向き合う意味で使われることが多いように思います（ビジネスでの交渉などでもface to face がよく使われます）
「プレゼントを渡したかったなぁ」という場合は、やはり in personの方がしっくりきます。
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