I understood that what I thought was just her habit was actually her obsession.
I understood that her habit was actually her being particular.
こだわりって英訳しにくいですね!悪い意味で言っているか、それともいい意味で言っているのかによって言い方が変わりますので、難しいですね。一応、二文を書いてみました。
1)I understood that what I thought was just her habit was actually her obsession. とは悪い意味のほうです。"What I thought was just her habit" = 「ただ彼女の癖だと思っていた」. "was actually her obsession" = 実は彼女のこだわりだった。"obsession"とは不健康ほどこだわっていること、そればかり考えていて悪いという意味です。
2) I understood her habit was actually her being particular. いい意味で言っている方が訳しにくいが、この言い方はいかがでしょうか。 "being particular"とは「こだわること」特別になんかにこだわるという意味ですが、ニュートラルな言い方で、場合によって悪い意味かいい意味か変わります。「彼女の癖は実は彼女のこだわりだとわかりました」