During one flu season I caught type B , and then type A.
インフルエンザは influenza、または flu で、
「インフルエンザにかかる」の動詞は catch(風邪の場合と同じ)なので、
catch a/the flu
となります。ただ、
「ワンシーズンに」は、During one flu season (インフルエンザの1つの流行期に)
としたいので、後半は flu を省いて
caught type B
とする方がいいと思います。
「B型にかかった」を caught the flu type B とすると何度も flu がくりかえされてしまうし、最初に flu season と言っているので、後半は type 〜 とすれば言わなくてもわかります。
First I suffered from B-type flu and then A-type as well.
I first suffered from B-type flu and then A too.
「インフルエンザB型にかかった後、A型にもかかった」は英語で"First I suffered from B-type flu and then A-type as well. "で大丈夫です。インフルエンザをfluと言いますが、型はtypeという単語になり、A型はA-typeでA型はA-typeとなります。
ご参考になれば幸いです。