体調は良くなってきてるけど、まだ回復してないって英語でなんて言うの？

I am better than (I was) yesterdayは、昨日よりはましになってるので、相手を安心させるフレーズです。 (I was) とカッコになってるのは、本来は文法的に必要なのですが、普段の会話ではあまり入れないで話すからです。
but still not fully recovered.で、まだ体調不良だと伝えることができます。recoveredは回復してる状態。fullyは完全に。それが否定形になっているので、まだ完全には回復していないという意味になります。お大事にされてくださいね。

加筆です。

他には以下のような言い回しもあります：
I'm getting there, but not there yet.
もう少しなんだけど、まだ完全じゃない。

ご参考になれば幸いです！