I am better than (I was) yesterday, but still not fully recovered.
I am better than (I was) yesterdayは、昨日よりはましになってるので、相手を安心させるフレーズです。 (I was) とカッコになってるのは、本来は文法的に必要なのですが、普段の会話ではあまり入れないで話すからです。
but still not fully recovered.で、まだ体調不良だと伝えることができます。recoveredは回復してる状態。fullyは完全に。それが否定形になっているので、まだ完全には回復していないという意味になります。お大事にされてくださいね。