本当は直接伝えたかったのですが、メールしました。って英語でなんて言うの？

「直接」は in person があります。 「本当は直接伝えたかった」の時制は文字通りには I should have told it to you となりそうですが、 気持ちは「今の時点で」本当は直接話したい、ということなので単純な現在形で 　I should tell it to you とする方がいいでしょう。 for now は「とりあえず」という感じで急ぎであることを表します。 Let me 〜 を使うことで、「（先に言って）ごめんなさい」というニュアンスが出ます。

直接言うことを、tell them in person と言います。 直訳ですが、 I wanted to tell you this in person but I decided to email you instead. 直接伝えたかったのですが、メールにしました。 instead ～のかわりに メールで先に言ってごめんなさい I'm sorry I had to say this in an email. という感じで訳してみました。 どうでしょうか？ お役に立てれば幸いです！