1.) Did you get it(this/that)?「理解できた？」
ここでの文末の3つの単語のオプションのニュアンスの違いは、"Did you get it(this)?"だと「これ理解できた？」という様なニュアンスで、”Did you get that?"というと「あれ何言ってるか理解できた？」という様なニュアンスになります。シチュエーション例を挙げるとするならば、前者は先生が生徒に向かって「この説明で理解できましたか？」などと聞く時などに使います。後者は生徒同士で授業後などに「あの説明（問題）理解できた？」などと会話する時に使います。
2.) Does it(this/that) make sense?「理解できましたか？」
この文章は文末の変化でのニュアンスの違いはあまりありません。この文章は主に誰かが他の人に説明をしてる、もしくは教えている場面で良く使われる表現です。
3.) Do you get it?「理解できた？」
言い方にも多少左右されますが、これは上記2つの文章よりもキツイ聞き方になります。仲の良い友達と会話している時や自分が相手に向かって怒っている時など以外では、上記どちらかの表現を使った方が無難かと思います。
「理解」は英語で "understand" と言いますが、くだけて "get it" と普段の会話の中で使われることが多いです。「〜できましたか？」と聞くには、"Did you~" と文章を始めます。
例文：
Did you understand what I said? 「私が言ったことを理解できましたか？」
Did you get what I was trying to explain? 「私が説明しようとしていたことを理解できましたか？」
ご参考になれば幸いです。
日本 
