遠く離れている家族だけどいつも想っていますって英語でなんて言うの？

「thinking of you」と「you're on our minds」はだいたい同じ意味ですが、この違いは、「thinking of you」だと、故意にその人のことを考えていますが、「you're on my mind」だったら、他のことを考えながら、その最愛の人のことは忘れていないという意味です。

よく使うフレーズです。
離れている相手に使います。家族でも友人でもいいです。
「遠く離れている家族だけど」の部分は家族に直接いうのは英語としてちょっと不自然なので言わなくてもいいと思いますよ。