As for that, we have no choice but to have the person himself do it.
As for that, we have no choice but to have the person herself do it.
「As for that」→「それについては」
「The person himself」→「ご本人」(男性の場合)
「The person herself」→「ご本人」(女性性の場合」
「To have (someone) do it」→「(誰かに)やってもらう」
まとめて言いますと、
「As for that, we have no choice but to have the person himself/herself do it.」
になります。
"As for that matter, the individual must handle it themselves."
「それについては、ご本人でやっていただくほかない」という表現は英語では、"As for that matter, the individual must handle it themselves."というフレーズで表現できます。
また、ご質問の補足について、お客様が通販と店舗で手続きを行っていただく必要があるという事情を説明する具体的な表現は以下のようになります。
"For both our online and in-store sales, the procedures differ. Unfortunately, each service point cannot handle the procedures of the other, so it's necessary for the customers to handle the interactions themselves."