I'm sorry to hear that your project didn't work out.
「ごめんなさい」と「かわいそう」両方の意味にとれるケースは稀だと思います。
I'm sorry.と言われたら、どちらの意味で使っているのかは状況や会話の流れで判断できます。
Didn't I ask you to be quiet?（静かにしてってお願いしなかった？）
I'm sorry.（ごめんなさい）
My dog died last week.（先週犬が死んじゃったの）
Oh I'm sorry to hear that.（それはかわいそうに）
日本 
