I'm thinking about what you're thinking about
→あなたが何を考えているのかを考えている
私は母語が日本語なのでネイティブチェックにはなりませんが、、
「are you」を「you are」にすればバッチリだと思います。
例)
"What are you thinking about?" I asked.
"I'm thinking about what you're thinking about."
"That's no answer."
"Well, what are you thinking about?"
"What you're thinking about."
〔A Fraction of the Whole By Steve Toltz〕
回答は一例ですので、
参考程度にしていただければ。
ありがとうございました