何を考えているのか考えてたって英語でなんて言うの？

I'm thinking about what you're thinking about
→あなたが何を考えているのかを考えている

私は母語が日本語なのでネイティブチェックにはなりませんが、、

「are you」を「you are」にすればバッチリだと思います。

例）

"What are you thinking about?" I asked.
"I'm thinking about what you're thinking about."
"That's no answer."
"Well, what are you thinking about?"
"What you're thinking about."

〔A Fraction of the Whole　By Steve Toltz〕

回答は一例ですので、
参考程度にしていただければ。

ありがとうございました