何を証明するかによって英語が変わると思います。
基本的には発行することは「issue」すると言います。
購入したことを証明する書類は「Proof of Purchase」と言います。
したがって、「Can you issue a proof of purchase?」を提案しました。
質問者様のシチュエーションですと:
"Could you issue required documents for importation to Japan?"
問題は、相手先がどんな書類が必要かどうかわからないかもしれないことですね。
「証明書を発行出来ますか?」という質問を英語で表すと「Could you issue me a certificate?」または「Can you issue me a certificate?」という質問を使っても良いと考えました。「Can」より、「could」の方がちょっと丁寧と考えました。「Certificate」という言葉の代わりに、「document」という言葉も使っても良いです。「Please」も入れるができます。例えば、「Could you please issue me a document?」と「Can you please issue me a document?」と言っても良いです。