They love each other even when they know they are different
ちょっと状況が把握しきれていないのですが、
質問文の「お互い愛しながらも違う存在でいること」は、
They love each other even when they know they are different
【訳】お互いが違うと知りながらも愛し合っている
という感じでもいいのでしょうか。
もうひとつの「お互いは本来ならば相容れないという人種的な意識」については
A sense that they are not in the same rational group
【訳】同じ人種ではないという感覚(意識)
ですといかがでしょうか?
「本来ならば相入れない」というのが遺伝子的に違うということなのか、それとも文化的に違うことなのか、例えば結婚して子供を産む(mixする)のが許されないということなのか、普段の生活の価値観の違いで相互理解ができないということなのかによって言い方も変わってくるかなと思いました。結構センシティブな問題ですので…
例えば、人種差別の強いところで育ったあるカップルが罪悪感に苛まれる話でしたら
A sense of guilt that they should not be together (because of the racial matter)
【訳】(人種の問題によって)自分たちは一緒にいてはいけないという罪の意識
という言い方でもいいかなと思います。
参考になっているかわかりませんが…