(1) I will pay you back later
'I will〜' =「〜する」
'pay 〇〇 back' =「〇〇にお金を返す」「〇〇に立て替えてもらったお金を払う」
'later' = 「後で」「後日」
「後で立て替えてもらった分を払うね」というニュアンスの一例です。
(2) I will return you the accommodation fee when I see you next time
'return ~' =「〜を返す」
'accommodation fee' =「宿のお金」「宿泊代」
'when i see you next time' = 「次会った時」
「次会った時に宿泊代を返すね」という意味合いの訳出です。