「not yet」は少し短いと思います。代わりにこういう丁寧なフレーズを使えます：
It hasn't gone through yet.
(支払いが完了していない。)
It is still processing.
（まだ手続き中です。）
The transaction is still being processed.
（支払いが完了していない。）
Not yetを使うなら、その後に「少々お待ちください」のようなフレーズを使った方が良いと思います。
Not yet. Please wait a moment.
Not yet. The transaction will be completed soon.
などのフレーズがプロフェッショナルで丁寧です＾＾
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