しかしながら、私は運動をする事は悪い点よりもよい点の方が多いと思います。って英語でなんて言うの？

この場合の「しかし」は"However"で表すと良いでしょう。 以前も異なる回答で使いましたが”pros and cons"はなにかの「良い点、悪い点」を表現したい際にとても使いやすいです。

主張されたいとのことなので、あえてinsist (主張する)を使いました。 「悪い点」と「よい点」の英語は、disadvantages とadvantagesとしました。 「運動する」は、exerciseまたはwork outでもいいです。

I believe that you gain more from exercising than you lose from it = 運動をする事は悪い点よりよい点が多いと私は思います。 思います = I think、だと思いがちですが、こう言う自己主張をする時はI believe や In my opinion などと主張力を強めたフレーズを使うのがベターです。 The merits outweigh the demerits of exercising = 運動するメリットの方がデメリットより勝る outweigh = もっと重い、勝る