I'm sorry, I may have confused your E-mail with spam mail and deleted it by accident.
I'm sorry, your E-mail may have been accidentally deleted as spam mail.
"I'm sorry, I may have confused your E-mail with spam mail and deleted it by accident."
「すみません、私はあなたのメールが迷惑メールと間違われて、削除したかもしれない。」"confuse"というのは「間違える」という意味で、"by accident"はこの場合間違いであることを強調しています。あと、この分は「私」という主語が入っています。自分ではなくて、自動的にそのメールが削除されたということを伝えたいのなら、例文2を使えばいいです。
"I'm sorry, your E-mail may have been accidentally deleted as spam mail."
「すみません、あなたのメールが迷惑メールとして間違われて、削除されたかもしれない。」
なお、どちらの文でも"I'm sorry"、つまり「すみません」を加えていますが、なくてもいいです。
参考になれば幸いです。
I think that your message may have been marked as spam by accident.
メールアプリのほとんどは届いてきているメールを「マーク」する。これは英語で to mark と言う動詞です。例えば一般のメールなら、「マーク」をつけないからインボックスにそのままに送らさせます。変なメールの場合はシステムに「迷惑のメール」のマークが付けられます。
これは英語で marked as spam と言います。
by accident は「ついに」「間違いで」と意味します。