ご質問ありがとうございます。
「(彼に)理解してもらえなかった」つまり「(彼は)理解しなかった」なので、
He didn't understand と表現します。
「言いたいこと」は、what I want to say と言えるので、
"He didn't understand what I want to say."
「彼は、私が言いたいことを理解しなかった。」
と表現することができます。
ご参考になれば幸いです。
「言いたいことを理解してもらえなかった。」は、
"I couldn't make myself understood."
という表現を使うことも出来ます。
"I couldn't make myself understood in English."
「英語で言いたいことを理解してもらえなかった。」
"I don't know enough English to make myself understood."
「(言いたいことが)通じるほどは英語を知らない。」
ご参考になれば幸いです。