As much as you want. Usually we put in 100 yen coins.
Doesn't matter. Usually we give 100 yen coins.
You can throw in as much as you wish. Usually we put a 100 yen coin.
as much as you want, as much as you like, は、「入れたいだけ入れていい」という意味です。この会話に合っていると思います。
It doesn't matter/Doesn't matter で、具体的な金額は問わない、どうでもいい、という意味です。
百円玉は100 yen coin
throw inは投げ入れる、という意味です。
百円玉で入れる、は "100 yen coins"と、複数でいいですが、百円玉一枚を入れるときは、3文目のように、"a 100 yen coin" となります。