この場合、次のような言い方ができますよ。
ーThank you for letting me wait here.
「ここで待たせてくれてありがとう」
ーThank you for letting me kill time here.
「ここで時間を潰させてくれてありがとう」
to kill time で「時間を潰す」
ご参考まで!
Thank you for letting me stay there.(そこに居させてくれてありがとうございます)
thereの代わりに具体的な単語を入れてもよいでしょう。
Thank you for letting me stay at the cafe.(カフェで待たせてくれてありがとうございます)