"This software is pre-installed” と"This software is installed from the beginning"は
全く同じ意味になります。
意味としては「このソフトウェアは元からインストールされています」
初めの例では"pre"という表現を使っていますが、これはたまたま"install"という言葉に付け足せるため、使っていますが、単純に「元から」「初めから」と表現したい場合は、
"from the beginning"という表現の方が無難でしょう。
最後の例文の"already"は「既に」という表現になります。
その時の状況に合わせて使い分けてみてください!