どれもまた同じような例文になりますが、”That's been in my mind..." というのが、「それがずっと気になっていた」、「ずっと引っかかっていた」という表現で真っ先に私が思いつく言い方ですね。結果的にこれが解決して、”やっとわかった～！” とか、“やっとクリアーになった” という時は、これらの例文の頭に、”Oh～!!" とか、“Oh, I get it!!" （あらそ～う？！！ やっとわかった～！！）というリアルな表現を口にすることができますね。
二個目の例文もまた、”I was wondering about that ...” 、直訳で、「ずっとそのことで考えていたんだ」という文になりますのでこれも意訳では同じニュアンスの表現になりますね。
最後の例も同じ、”I had that in my mind.." 、最初の例文と二個目を組み合わせたような言い方。いずれもこの場合では英語で ”in my mind" が「ずっときになっていた」という意味で使えますね。
また参考になればと思います。
問題に引っかかることは「① I was stuck on.....」と言います。
例えば、テストの質問に引っかかっていたら：
「I was stuck on question 5 for a long time」（長い時間質問５に引っかかっていた）
もっと、悟るような感じで、何か難しい問題を何週間に引っかかっていたならば：「② I was hung up on....」。
例えば：
「I was hung up on whether I should dump her or not」（彼女を振るかどうかにずっと引っかかっていた）
ジュリアン
こんにちは。
様々な言い方ができると思いますが、例えば次のような英語表現はいかがでしょうか：
I've always been wondering about that.
それについてずっと引っかかっていました。
wonder about ... は「〜について考える・疑問に思う」という意味の英語表現です。
ぜひ参考にしてください。
日本 
イギリス 
アメリカ合衆国 
