ご質問ありがとうございます。
difference in height/elevationを使えますが、ちょっと不便な言い方です。
例文:The difference in elevation between station 5 and the summit of Mt. Fuji is 1800 meters.
もっと簡単な言い方(と実際に使っている言い方)はelevation changeです。
例文:The elevation change of Mt. Everest is 3,485 meters from basecamp.
ご参考になれば幸いです。