直訳の I am also a nuisance, I also bothered youはダメ！
こちらこそ迷惑をかけた。
アメリカでは人に迷惑をかけて、そのまま言葉ではいう習慣はありませんので
気持ちを伝えるなら→
It's me as well
いえいえ、私も（迷惑をかけた）
Don't worry about it. I took up your time too.
気にしないで、こちらこそ時間取られて。。。
気持ちは→こちらこそ迷惑をかけた
と意味します。
この表現は英語にないので今回は気持ち、ニュアンス的な訳にさせていただきました。
Not at all. I'm sure I've been more of a burden on you.
It's not a problem. Thank you for always being so helpful.
英訳１：「気にしないでください」という言い方。
英訳２：「全然問題ないですよ。私こそ（いつも）迷惑をかけていると思います」
Not at all.は、Thank you.と言われたときに「どういたしまして」の意味で使われますが、他にも「そんなことありませんよ」と否定するときにも使えます。I'm sureは「（私は）～を確信している」、more of ...は「より…な」、burdenは「負担」という意味です。
英訳３：「問題ないですよ。いつも助けてくれて（親切にしてくれて）ありがとうございます」
個人的には、謝るのではなく、このように感謝の気持ちを伝えるのがおすすめですよ。
アメリカ合衆国 
