ご質問どうもありがとうございます。
様々な表現があると思いますが、いくつか自然な表現を紹介します。
a. There may be some traces of chocolate flavor present in the vanilla flavor. Thank you for your understanding.
b. Please kindly note there may be some traces of chocolate flavor present in the vanilla flavor. (We apologize for any inconvenience this may cause you.) Thank you for your understanding.
traces = 跡
be present = 「いる」「ある」
inconvenience = 不便
お好みに合わせて使い分けてみてください。
ご参考にしていただければ幸いです。
英語圏のサービス業界にはもちろん自分の決まり文句があります。
だから直訳はあまり役に立たないと思います。
理解 - Understanding
「バニラ味にチョコ味が少し混ざることがあります」はアメリカ英語にすると
Please note that there may be small amounts of chocolate flavour mixed into the vanilla flavour. 最後に We appreciate your understanding. を付けたら、丁寧に報告した風に聞こえます。