時間が来てしまい残念だ
What a pity. Our time is up.
残念だ=what a pity.
時間が来てしまい=Our time is up.
Unfortunately, we are out of time.
残念ですが=unfortunately
時間切れです=we are out of time.
ぜひ使ってみてください。
"It's a shame our time is up." が適しています。"It's a shame" は「残念だ」という意味で、"our time is up" は「私たちの時間が終わった」という意味です。
例文としては、
It's a shame our time is up. (時間が来てしまい残念だ。)
他の表現としては、
I'm sad our lesson is over. (レッスンが終わってしまって悲しい。)
I wish we had more time. (もっと時間があればいいのに。)