At what stage of this process did you notice the mistakes? で、「この過程のどの段階でその間違いに気づきましたか。」となります。
Process の代わりにprocedureを使う場合もあるかもしれませんので、状況に応じて使い分け下さい。processは「過程」、procedureは「手続き」です。
「間違い」に関しては、一つの間違いであれば、単数のmistakeを使って下さい。
確かなにこの場合は「When did you notice the mistakes?」は簡単な言い方になりますが、他の言い方もあります。
例えば「During what stage」。stage は日本語で「段階」と言います。
During what stage did you notice the mistakes? = どの段階で間違えに気付きましたか？
他のwhen を使わない言い方だとしたら「At what point」も言えます。この文章の中で 「point」は段階と似ている意味になります。「At what point」という言い方は「どの時点で」みたいな意味になります。
At what point did you notice the mistakes? = どの時点で間違えに気付きましたか？
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