「あのね、別に構わないんだけど。。。」は、
”Never mind...”
と言うことが出来ます。「気にしないで」という意味です。
「あのね、別に構わないんだけど。。。会えるって思ってたから寂しかっただけ。」は、
"Never mind. I wish I could see you..."
「気にしないで、あなたに会えたらなと思っただけ。」
などと言うことが出来ます。
"I wish I could ~"は、「(実際には不可能だけど)~だったらいいな。」という時に使います。この表現で、「会えると思っていたから寂しい」というニュアンスが伝わるかと思います。
ご参考になれば幸いです。
"You know, it's not that I mind, but... I was just a little sad because I thought we were going to meet."
"あのね、別に構わないんだけど。。。会えるって思ってたから寂しかっただけ"という表現は英語では "You know, it's not that I mind, but... I was just a little sad because I thought we were going to meet." と言います。
ここでは "You know, it's not that I mind, but.." は「あのね、別に構わないんだけど…」という意味で、"I was just a little sad because I thought we were going to meet." は「会えると思っていたから少し寂しかっただけ」という意味です。