親切でやってるつもりでも相手には迷惑って英語でなんて言うの？

「親切で」「親切のつもりで」は with kindness がありますが、「好意で」という意味の
　as a favor
という表現もあります。

後半もこの favor を使って、「迷惑」を「望んでいない好意」（unwanted favor）とすれば（「ありがた迷惑」の感じです）、

　I know you do it as a favor, but it's an unwanted favor.

と、リズムの良い文になります。

若干失礼になってしまうので、
どうしても言わなければならない時以外は
人間関係がこじれてしまうかもしれませんので
使用しない方が良いかもしれません。

ただ、どうしても言いたい場合は
言い方（声のトーン、表情、ボディランゲージ）に注意して言ってみて下さいね。

Maybe she doesn't need your help.
もしかしたら彼女は、あなたの助けを必要としていないかもしれない。

Maybe he doesn't need your help.
もしかしたら彼は、あなたの助けを必要としていないかもしれない。

ソフトな言い方バージョン：
Maybe she/he doesn't need any help.
もしかしたら彼女／彼は、助けを必要としていないかもしれない。

長文バージョン：
You might be helping her/him with good cause but maybe she/he doesn't want to be helped.
あなたは彼女／彼を善意で助けているのかもしれないけれど、もしかしたら彼女／彼は（誰にも）助けられたくないのかもしれない。