昨日、一昨日とお休みを頂きありがとうございました。って英語でなんて言うの？

上記の英訳文が挙げられます。
直訳すると、一つ目の英訳文は、「（直近の）二日間の休みをいただき感謝します。」、二つ目の英訳文は「（直近）二日間のお休みを与えていただきありがとうございます。」となります。

「昨日」は"yesterday"、「一昨日」は"the day before yesterday"ですが、これを取り入れると、文章が長くなるので、「（直近の）二日間」を示す"the last two days"を使いました。

"appreciate"は「感謝する」という意味で、ビジネスなどでよく使われます。

お役に立てれば幸いです。

最初の例は｢この二日間を休ませてもらって(または｢休みを頂いて｣)ありがとうです｣で次の例は「ありがとう」の代わりに「appreciate」を使って「感謝」に変えてます。三番目の例は「体調が悪い間に休みを頂いた事に感謝してます」となります。