"Excuse me but it doesn't seem right." はいいと思います。
次の言いたいことは「醤油ラーメンのはずだけど。。」という文章でしたね？
それは "It (This ramen) is supposed to be sho-yu ramen, right?" になります。
"supposed to order" の意味は「私が注文するはずのは。。。」になってしまいます。しかし言いたいのは出て来たラーメンは「醤油ラーメンのはず」ですね。そして主語が it もしくは this ramen （このラーメン・出て来たラーメン）になり、 is supposed to be ~ (〜のはずです）という英文になります。
このような状況でレストランの接客係に尋ねるには
Excuse me. I thought I ordered shoyu ramen. This looks like miso.
（すみません、醤油ラーメンを頼んだと思ったんですけど、これって味噌ラーメンですよね）
というと失礼にあたらず気持ちよく対応してもらえると思います。
doesn't seem right を使う場合は It ではなくThis かThatを使いましょう。
ただこの表現ですと直接的に「間違っている」というニュアンスが強いので少し失礼になってしまうかもしれません。
アメリカ合衆国 
