Did you experience a typhoon when you were in Japan?
Was there a typhoon when you were in Japan?
kyokoさんご質問どうもありがとうございました。
下記の言い方ではいかがでしょうか。
1)
「Did you experience」遭遇した
「a typhoon」台風
「when you were in Japan」日本にいるとき
2)
「Was there」ありましたか
「Did you have a typhoon」だったら「台風あった・持っていた?」の感じがちょっとします。
ご参考にしていただければ幸いです。