Most of the people have no connection to terrorists but yet are treated unjustly.
「ほとんどの人」の「人」は「移民」で指定されたグループの話ですよね?most people だけは「世界の全ての人の中のほとんど」と言う意味なってしまいます。すでに述べた「移民」を指しますから most of the people として引用します。
関係がない を have nothing to do に訳してもいいけどカジュアルで have no connection to X にした方がいいと思います。
terrorists は一般形:不特定・複数形。複数形にする必要があります。
「関係ないのに」の「のに」を表すには but yet を使いました。
「不当な」は unfairly に近いですが unjustly の方が法律的な面にも使えます。 unfairly はより「不公平」のニュアンスがあるので unjustly が「値されてない扱いされている」ような感じが持っています。