「している間」とは while X
X は進行形の文章となります。今回は、過去進行形となりますから、While I was waiting と言います。
何かを待っていると言うと、to wait for Yです。
Y は普通に名詞です。
「返事」は reply だけど冠詞をつける必要もあるし、その冠詞はよく所有格になります。この文章は your reply (あなたの返事)と言うかもしれません。
合体すると、
While I was waiting for your reply,
になり、そのあと他の文章をつなげます。