質問者様のお求めの英語は「Isn't it better that I sit by the window?」になります。
また、理由を付けることで相手によりよく伝わると思います。バスで後で降りるから窓側に座った方がいいんじゃないの?と言うなら「Since I'm getting it off after you, isn't it better that I sit by the window?」が正しいです。
注:理由の「から」を英語にするなら、Because がもっとも一般的ですが、ここでは「since」を使っています。特に違いはありません。