"clearly state"という英語表現は文字通り「明確に述べる」という意味になります。"clearly"は「明確に」、"state"は「述べる」を意味します。これらを組み合わせることで「はっきりと述べる」または「明記する」という意味になります。
あなたの具体的な例文の場合、「このサークルに参加したい理由を明記して下さい」は英語で "Please clearly state why you would like to join this club."となります。
なお、このフレーズは、アンケートやフォーム、エッセイなどでよく使用されます。具体的かつ明確な意見や事実を求める場合に便利な表現です。例えば、「意見を明記してください」は "Please clearly state your opinion."と表現できます。
Specifyというのは「明記する」という意味を表しています。
To make something clear という表現は同じ意味を持っています。
たとえば、
Can you specify your requirements for this position?
このジョブの要件を明記してもらえませんか?
I want to make clear that we will not hire foreigners.
外国人を雇わないことを明記したいです。
役に立てば嬉しいです!