日本語は「食べていないと思った」という言い方をしますが、英語は「食べたと思わなかった」という文法で同じことを伝えます。「I didn't think」はとてもよく使いますが、日本語に直す時はより自然な日本語にするために「食べていないと思った」と訳します。
I didn't think that you ate during work.
(仕事をしている間、食べていないのかと思った)
during work = 仕事をしている間
I didn't think that you ate = 食べていないのかと思った
実際には空いた時間にさっと食べているのだそうです。⬇︎
Apparently he/she takes a short break to eat.