一重の時の顔と二重の時の顔は全然違うって英語でなんて言うの？

二重まぶた（double eyelid）と一重まぶた（single eyelid）を使って、「顔」を主語にした素直な訳として、
　My face with double eyelid looks much different from that with single eyelid.

が可能です。
ただ、これだと「一重を二重にしている」という関係が出ていません。

そこで、Double eyelid を主語にして「まったく違うように見せてくれる」という文の方がいいと思います。
これには動詞 make を使います。
　Double eyelid makes me look much different from myself with single eyelid.

おっしゃられている内容は、以下のようにも表現できると思いました(^_^)
There is a big difference between how I look with single eyelid and with double eyelid.
「一重まぶたの私の見え方と二重まぶたの私の見え方には大きな違いがある」

There is a big difference between A and B「AとBとの間には大きな違いがある」
eyelid「まぶた」

以上です。
少しでも参考になれば幸いです(^_^)