I worked at A and B, for X and Y years, respectively.
もし二つか三つの会社で働いて、それぞれ働いた年数が同じなら一つ目の文になります。
例
A社とB社で、それぞれ3年働きました。
I worked at A and B, for 3 years each.
年数が異なる場合は二つ目の文が使えます。
例
A社とB社でそれぞれ3年と2年働きました。
I worked at A and B for 3 and 2 years, respectively.
この分の構造は項目(この場合は会社)が3つ以上でも大丈夫です。