I don't know which prefecture has the bigger population.
1) I don't know which is bigger.
「どっちが多いかわからない。」
人口が多いと言う時は、big や large を使って言うのが一般的です。
2) I don't know which prefecture has the bigger population.
「どっちの県の人口が多いかわからない。」
1のように簡単に言っても良いですし、２のように答えることもできます。
prefecture で「県」
population で「人口」
もし選択肢が３つ以上の時は
I don't know which is the biggest.
I don't know which prefecture has the biggest population.
となります。
bigger は２つの間を比較するときに使い、3つ以上を比べる時は biggest になります。
ご参考になれば幸いです！
日本 
