digestive systemで消化器官、digestionで消化、を表します。
使った動詞の詳細の意味はそれぞれ、以下のようなニュアンスです。
irritate ：ヒリヒリさせる・炎症を起こさせる・刺激する
inhibit：妨げる・抑制する
interfere ：妨げる・邪魔する
ご質問にあった内容を例文にしてみると、こんな感じでしょうか。
[例文] Babies shouldn't drink much milk at a time. It would interfere with digestion. You should give them small amount more often.
赤ちゃんは、一度にたくさんのミルクを飲むべきではないの。消化を妨げになるから。少ない量にして、より頻繁に与えるべきだよ。
ご参考になれば幸いです！
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