Oh, you've taken it out! Put it back there. How come you take it all out, honey?
『出す』 はtake ~outで、出しちゃった という意味で現在完了になっていますが、アメリカ人などはこういう場合、過去形でいうことが多いですので、過去形でもOKです。
『そこへ入れといて』というのは、この場合、『戻して』という意味だと思いますので、put it back (it は洗濯物)命令形にしています。
How come ~は、Why~のカジュアルな言い方で、Whyと違って、How come 以降が肯定文の順になります。