この場合の it は決めたことを指します。
決めたことは 動詞の決めるで decide を名詞にした decision です。
尊重するは to respect という表現を使います。
「あなたの決めたことを尊重するけど本当はして欲しくない」
"I respect your decision but I honestly wouldn't want you to do it" など
I'll respect your decision, but I really don't want you to do it.
「貴方が決めたことであれば尊重するけど、本当はしてほしくない」という意味を英語で表現する場合、 "I'll respect your decision, but I really don't want you to do it." というフレーズが自然です。
このフレーズを分解してみましょう。
"I'll respect your decision": 「あなたの決定を尊重する」という意味です。相手の決定を認めていることを示します。
"but I really don't want you to do it": 「でも本当はしてほしくない」という部分です。自分の気持ちや反対意見を伝えています。
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