Your clothes are dirty. は、例えば畑仕事などをしていて泥だらけの場合に使えます。
meさんのおっしゃっているように「汚い・汚れている」という意味です。
例えば食べこぼしたりして汚れている場合は
There is a stain on your pants.
「ズボンが汚れているよ。」＝「ズボンにシミができてるよ。」
と言えます。
stain で「シミ・汚れ」という意味です。
You have mud all over the bottom of your jeans.
「ズボンの裾が泥だらけだよ。」
泥はねで汚れている場合は上のように言えます。
ご参考になれば幸いです！
「服が汚れているよ」と伝えたい時は、汚れやシミを直接指摘する表現が適切です。"Your clothes are dirty"と直訳すると、「あなたの服は汚い」となりますが、これは少しキツイ表現となります。もっと具体的に、汚れ部分を指摘することで、相手に伝え方を優しくすることができます。
"You've got a spot on your clothes"は、「服に汚れがついているよ」という意味です。 "Your clothes have a mark on them"も「服に汚れ（マーク）が付いているよ」という意味で、より具体的な汚れを指しています。
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