1) "We have already set up the futon(s) in your room. "(お部屋のお布団をすでに準備致しました。)
「お布団の準備をすること」は、set up the futon(s)と表現することができます。
2) "The futon set-up in your room is complete."(お部屋のお布団敷きは既に終わっております。)
言葉の順番を変えて、「お布団敷き」をfuton set-upと表現することもできます。
どちらの文でも、"I would like to let you know that..."と最初に付け足すことで、「...をお知らせ致します」という意味が加わり、より丁寧な言い方になります。
まだ到着されていないお客様に対して、事前にお部屋のお布団の準備をすることを伝える場合、 "The futon(s) will be set up in your room before your arrival. "(ご到着前にお布団敷きをさせて頂きます。)と言えます。