1) What did you do with the Miso paste?
「あの味噌どうした?」
What did you do with 〇〇? で「〇〇どうした?」という言い方です。
「味噌」は Miso や Miso paste と言えます。
Where is the Miso that you got from 〇〇?
「〇〇からもらった味噌どうした?」
とも言えます。
2) Actually I threw it out.
「実は捨てちゃった。」
actually で「実は」
threw ... out で「捨てる」
他にも「捨てちゃった」は
I put it in the garbage.
I tossed it.
と言えます。
ご参考になれば幸いです!