空のボトルがあるのですが、おそらく水が入っていた様です。
~だったと思われるという表現が分かりません。
"There's a bottle that seems to have had water in it."
「水が入っていたと思われるボトルがあります」
* there is: 〜〜がある、〜〜がいる
* bottle: ボトル
* seem to: 〜〜の様である、〜〜と見受けられる
* have: 持つ、〜〜が入っている
* water: 水
ご参考なれば幸いです。
この場合、次のような言い方が自然で良いでしょう。
ーI think that bottle had water in it.
「そのボトルには水が入っていたと思う」=「水が入っていたと思われるボトルがある」
ーI think that's an empty water bottle.
「それはからの水のボトルだと思う」=「水が入っていたと思われるボトルがある」
ご参考まで!